El doctype determina el modo de visualización de la página. Con él se define el compatMode que regirá la página -podés testearlo con un alert(document.compatMode), donde obtendrás BackCompat para el modo quirk y CSS1Compat para el standard-. Y estas 2 maneras o modos hacen que el css y el javascript se comporten de manera diferente, sobre todo en Explorer:
http://www.w3.org/International/arti....en.php#quirks