Alguien sabe como proteger archivos en php?

[buscand]

Hello.
Tengo un problema bien gordo.
La web programada en php y usa un framework. La tengo normal en el public_html del servidor. El servidor tiene la opcion normal a proteger directorios. El problema me viene cuando intento proteger los directorios que son de la web. Si lo hago, luego al buscar la web me pide usuario y contra, y claro, esto para los usuarios es una tonteria.
Lo que necesitoes saber como proteger esas carpetas publicas de la web para que ningun usuario pueda ver la informacion.ej: midominio/frameworks y aparece esa carpeta completa de mi web en el navegador, igual que si pongo midominio/adoons, mail, etc. Ya he leido sobre h.tacces, etc, pero creo que eso lleva otra solucion,,,no se que hacer.
Como se protegen normalmente las carpetas de la web para que que los usuarios no puedan mirar la informacion que no deben ver?
Gracias por sus amables respuestas.