La inclusion de scripts no se limita exclusivamente a la zona de <head> y </head>, se puede realizar tambien entre <body> y </body>, principalmente porque puedes usar document.write() o alguna funcion especifica para crear contenido.
El atributo language ya es obsoleto y tu etiqueta debe ser solo:
Código:
<script type="text/javascript" src="archivo.extension"></script>
Puedes usar perfectamente un PHP para generar codigo javascript, pero asegurandote que toda la salida sea realmente codigo javascript valido:
Código php:
Ver original// Ejemplo invalido porque realiza una salida HTML en lugar de codigo javascript:
echo "<a href=\"pagina.php\">Link</a>";
// Ejemplo valido:
echo "document.write('<a href=\"pagina.php\">Link</a>')";
En cuanto a errores de javascript en la consola de errores de Firefox solo aparece: