Uy, pues esto no cuadra

. La mia es la max 3.23.53 y entró a la primera y sin problemas hasta el momento. Eso sí, lo hice a palo seco. Es decir:
- bajé dicha versión de mysql, descomprimí el zip e instalé.
- desde ...\...\bin abrí winmysqladmin. La primera vez que lo haces crea automáticamente el archivo my.ini.
- bajé myodbc y también instalé.
- myodbc me dio un problema que al parecer es recurrente en win2000. Se trata de un error en nomeacuerdoqué archivo. Le di a ignorar, según sugerencia en el manual, y todo bien.
- para crear bds, tablas y demás uso la consola ms-dos. Es raquítica en este SO, pero no me gusta usar intermediarios en temas importantes como una gestión de bd y el entorno ms-dos me sigue agradando (seré una romántica...

)
No sé qué decirte

. Eso es lo que hice yo y todo de maravilla, de hecho tengo gran parte de las bds migradas a mysql ya.
¿Has probado a pasar olímpicamente del phpMyadmin? Al menos para tener la certeza de dónde se produce el error realmente.