Pues realmente lo que buscaes que el archivo sea del tipo inline, si el link es directo al archivo PDF no puedes hacer nada desde PHP.
En cambio si es a un archivo PHP, juega con header() para enviar un attachment del tipo inline, esto forza al navegador a abrirlo en la misma ventana, pero si el usuario configura su explorador de forma diferente no puedes hacer nada.
Saludos
