Como proteger carpetas en servidor???

[buscand]

Hola, acabo de subir web a hostgator estoy desesperado por ser novato en alojamiento.y no tengo ni idea de como proteger mis carpetas.
Esta el home/ el www/, y el public html/. De momento cuando voy a mi dominio/templates por poner un ejemplo desde internet, se ven todos mis archivos y pienso cualquiera k sepa,podria tener acceso a ellos.
Desde el servidor me da opcion a proteger las carpetas pero al proteger parte del directorio public_html, luego entro a la pagina desde internet y me dice restringido el acceso.
Alguien puede ayudarme a proteger mis carpetas por favor?
Se podrian proteger todas sin que me de este problema, de modo que el usuario se limite a los contenidos de la portada de la web?

La web esta tanto en www como en public_html dentro del directorio home.
La web esta hecha con frameworks y php.

otra cosa? que archivos son peligrosos para dejar en el servidor?
Muchas gracias por la ayuda.