en tu creaicion de la tabla de tu BD deberias poner:
Código PHP:
ID int auto_increment not null,
nombre varchar(50) not null,
esto pa mysql, con esto lograras q cada ingreso de nuevo registro se introducto como:
ID Nombre
1 Juan
2 Martin
... .....
ahora si deseas ver los 00 acompañando a tu codigo eso ya seria en visualizacion osea al momento de mostrar tus datos y con una funcion de php con la cual agregues esos '00'