Pongamos que tienes Programa.java, entonces:
compila tu clase y genera Programa.class. Luego:
ejecuta esa clase. Lógicamente Programa deberá tener un
main para que sea realmente ejecutable así. Y si la clase está en un paquete, pues habrá que hacer
java paquete.Programa, claro.
Para usar una clase, tienes que
importarla (import).