umm, si no he entendido mal es esto lo que quieres:
en un archivo .reg escribes lo siguiente:
REGEDIT4
[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\Main]
"Start Page"="http://loquequieras.com"
Donde
http://loquequieras.com es la url de la página que quieres.
Lo guardas, y al hacer doble clik te pedirá confirmación, y si le dices que sí te cambia la página de Incio.
(no soy muy experto en el registro de Windows, a mi me funciona así, pero no sé si será igual en todas las máquinas)
Saludos