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[XLogus]

Hola
Es posible conectar una aplicación de escritorio con internet y por lo tanto procesar la información directamente en la pc del usuario para ahorrar procesamiento en el servidor, mi sugerencia sería haz una pequeña aplicación que pueda importar archivos doc u otro formato y convertirlos en texto puro o similar y luego que lo inserte directamente en la base de datos. Asi te ahorras programar cgis o intentar convertir correos en xml en el servidor.

Si es como dices mucha información no es buena idea centralizar todo en el servidor sino usar una pequeña aplicación de escritorio que se encargue de eso.
La conexión a una base de datos en internet no difiere mucho de una conexión local.