Hola,
Pero eso te sale cuando en el borrar.php solo escribes:
Código PHP:
$referencia = $_POST['referencia'];
die($referencia);
¿No?
Cambia esta línea:
Código PHP:
<input type="checkbox\" name=\"referencia\" value=\"'.$row[Referencia].'\" />
por esta otra:
Código PHP:
<input type="checkbox\" name=\"referencia\" value=\"".$row[Referencia]."\" />
(Aunque estas comprobaciones las hacemos para ver si recoge bien el campo del checkbox. Obviamente ésto no hará que se borre ningún registro. Sólo imprimirá el valor del checkbox activado para borrar).