Ahora no da ningun error pero cuando pulso el boton borrar me sale esto por pantalla:
'.1234567.'
Y no se borra ningun registro. Por lo que yo creo es alguna variable que va entre puntos y comillas simples, es lo que se muestra (seguramente die($referencia); ) . Pero no borra nada.
PD: lo que sale por pantalla es esta linea <input type=\"checkbox\" name=\"Referencia\"
value=\"'.$row[Referencia]\.'" />