Es probable que estés usando enlaces de este tipo:
Código PHP:
<a href="#" onclick="unaFuncion()">
Para que no te suceda lo que mencionás, deberías incluir un return false de esta manera:
Código PHP:
<a href="#" onclick="unaFuncion();return false;">
O mejor aún, usar los enlaces sólo para lo que fueron creados y sustituirlos por algún otro elemento con estilo cursor:pointer si lo que necesitás es que aparezca la manito.