Pues después de darle vueltas al tema finalmente he sacado una query que no creo que vaya mal encaminada:
   Código PHP:
    //Listo todas las tablas de la base de datos:
$sql = "SHOW TABLES FROM $miBBDD";
$result = mysql_query ($sql);
while ($row = mysql_fetch_row ($result)) 
{
 
// ejecuto la consulta a todas las tablas sin ninguna discriminación
// más que la del nombre 'pepe' en el campo [I]student[/I]
$query  = "SELECT * FROM " .$row[0] . " WHERE student = 'pepe'";
$resultquery = mysql_query ($query) or die ('Query failed: ' . mysql_error());
$num = mysql_num_rows($resultquery);
 
// Imprimo el resultado
echo 'Pepe esta subscrito a' .$num. 'materias'; 
    
  Pero el resultado de la impresión es:  
 Código HTML:
 Pepe esta subscrito a 1 materias
Pepe esta subscrito a 0 materias
Pepe esta subscrito a 4 materias
Pepe esta subscrito a 0 materias
Pepe esta subscrito a 2 materias
 Es decir, me lista las veces que 'pepe' se encuentra en cada tabla y no me las suma... He intentado con el COUNT(*) en la consulta pero no doy con el resultado. 
Agradecería vuestra ayuda para conseguir sumar esos resultados. 
Saludos!