No sé si con PHP se puede hacer una especie de header que redireccione a otra página que a su vez contenga un JAVASCRIPT???...
O lo más sencillo, al ver que trabajas en aplicaciones DESKTOPs, sería incluír el JAVAScript al final del código más o menos así:
Código PHP:
If (Resulta el evento anterior) {
echo "<script type="text/javascript" language="javascript">
window.close();
</script>
<noscript>Esta página debería cerrarse</noscript>
}
Samudos!