Hola,
La herramienta para crear los archivos de políticas es : policytool. Y tienes que guardar el archivo en la carpeta del usuario con el nombre .java.policy (en Linux ~/.java.policy); de esa forma el usuario tiene los permisos efectivos en ese archivo.
Revisa el tutorial de Java,
http://java.sun.com/docs/books/tutor...ur1/index.html
Saludos,