Hola:
Pues los datos del array claro que puedes tenerlo en un fichero aparte, pero debe ser un "js" y enlazarlo con el src de un tag script (preferentemente en el head de la página).
Sobre el efecto se puede hacer superponiendo las imágenes y cambiando la opacidad... Te recomiendo que busques en la página de
tunait (¡Hola

!) que tiene unas galerías muy buenas.
Saludos