Buenas..
yo lo haría haciendo un div para los dos lenguajes (en vez de 2 como ahora) y pones las banderas en una lista. Después las posicionas y lo tienes hecho..no se te descuadran
Te dejo un ejemplo que hice para una web (arriba a la derecha):
http://www.emdma.com/web_v.2/es/web.html
Así te puedes guiar si te pierdes..
Un saludo!
Ares