Creo que la version beta 1.0.16 ya no trae este problema del index.php intercalado, la he probado y el admin es mas manejable y amigable, y funciona
Aunque en la version anterior tambien se puede quitar desde su admin sin tener que tocar el .htaccess . Se debe seleccionar que tipo de URL´s que quieres mostrar desde una pestaña en el panel de configuracion, son tres las opciones, aunque sinceramente era tan rebuscado que ya ni recuerdo donde exactamente se encuentra. De echo preferi artio aunque me dejara un sello en cada pagina.
Rectifico: Sh404sef en su version beta 1.0.16 sigue incluyendo el famoso "index.php" intercalado.
Ahora bien Para cambiarlo.. Acceder a la configuracion pulsando en el icono, seleccionar "advanced" e ir "Rewriting mode" a la derecha hay una pestaña con tres opciones, selcione "without .htaccess (index.php) . Esta opcion obviara el index.php intercalado en las direcciones URL´s.