Hola:
La solución es bastante sencilla, no tienes que crear un fichero por cada imagen, sino crear un fichero php que reciba como parámetros las dimensiones a redimencionar y la imagen, y en ese caso no haría falta javascript... por ejemplo, se resumiría en esto:
window.onload = function() {
ancho = document.body.offsetWidth;
alto = document.body.offsetHeight;
document.body.style.background = "url(redimensionar.php?imagen=fondo.jpg&anchur a=" + ancho + "&altura=" + alto + ) no-repeat center center";
}
Te dejo la parte php que supongo (por lo que has puesto) que no tendrás problema en implementarlo.
Puedes tener como referencia el código que puse en esta página:
Gradientes (php + librerías GD)
... pinchando en finalizar te muestra el código que se usa y además te permite bajar las fuentes.
Saludos