Script malicioso, autoreproducible, propagable?

[zheive]

Gracias amigo! Por la explicación, estoy bajándome todos los archivos para analizarlos, ya he localizado el código y lo he borrado de todos los index.htm/html/php pero también aparece en archivos con extensión tpl y revisarlos todos sería casi imposible, yo tampoco estoy actualizado a la última versión, no sabía lo de las carpetas sin index.html en cuanto lo repare revisaré totalmente la seguridad.