mira te aconsejo que incluyas el siguiente script, lo cual fuerza a que el navegador descargue el archivo y no lo intente abrir como suel courrir con IE y archivos de excel o bien con los archivos pdf.
Código PHP:
// hago pasar la variable del archivo via url y la llamo con $_REQUEST['id']
$id = "../archivo/".$_REQUEST['id'];
header("Content-type: application/octet-stream");
header("Content-Disposition: attachment; filename=\"$id\"\n");
$fp=fopen($id, "r");
fpassthru($fp);