Muy bien, en primer lugar deja de llamar "java" a "JavaScript", Java es otra cosa, tiene muy poco que ver o nada con JavaScript. En segundo lugar pasaré a explicarte un poco la situaciòn esta:
Bueno, cuando tú trabjas con HTML (es excelente que sepas código) el navegador interpreta ese código y lo muestra en la pantalla. OK, esa función nadie la va a quitar al HTML. Ahora bien, como se hace todo ese proceso?? Bien, abres tu navegador favorito (espero que no sea el I.E y menos el 6), escribes la dirección en la barra de direcciones (qué lógico) y das enter. Cuando haces eso, se envía una petición al servidor web, ese servidor recibe la petición y te envía el archivo que has solicitado. Cuál archivo? Pues depende de la dirección, si es algo asi:
http://www.sitioweb.com/ entonces te envía el index, ya sea el index.html o el index.php, si es asi:
http://www.sitioweb.com/clientes.html, pues envía el archivo "clientes.html". Tu navegador recibe el archivo, lo guarda en los archivos temporales o caché y lo muestra en tu pantala. Genial. Pero (siempre hay un pero) cuando solicitas un archivo PHP el servidor no te lo envía directamente, antes lo hace pasar por el Intérprete PHP, este lo procesa y lo envía a tu navegador. O sea, no envía el archivo tal y como está sino el archivo procesado. El PHP procesa los archivos en el servidor y devuelve un resultado el cual debe contener etiquetas HTML para su debido formato.
Ahora bien, si sabes JavaScript entonces tendrás una idea de lo que es este proceso. Por otra parte, claro que puedes hacer que tus archivos HTML se integren con los códigos PHP, de hecho ambas tecnologías se complementan. Solo tienes que colocar los códigos correspondientes y cambiarle las extensiones de html o html o php. Pero (no digo? siempre hay un pero) debes guardarlo en un servidor local para probarlos.
Vamos! entra al google y busca "WAMP download", lo descargas y lo instalas. Se instalará en la carpeta: c:\wamp y la carpeta donde debes guardar tus proyecto es: c:\wamp\www. Una vez guardado tus archivos ahi pues anda a tu navegador y escribe esta dirección:
http://localhost/tuproyecto
y jalará tu index. Bien, espero que te haya servido mi explicación, dejame decirte que tienes todavía mucho por descubrír, apenas has visto la punta de iceberg.