pasate por
este foro donde colgé un monton de direcciones donde puedes pillar codigos JS para insertar los en tus páginas, y entre ellos los menus.
También si usas un editor tipo Namo 5, Fireworks MX, Xara,... te lo ponen muy facil para configurarlos. seguro que en alguno de esos enlaces buscando encuentras, creo haber visto algo de eso por esas páginas.
Lo que preguntas de pros y contras, pues depende de cada uno si se maneja mejor en flash o con JS, porque hoy casi todo el mundo tiene navegadores que soportan JS y tienen el Flash.
Y luego está la estructura de la web, si tienes muchos enlaces pero se pueden y deben dividir en sub-categorías, no llenas el espacio con muchos links y al mismo tiempo orientas al visitante.