Esto no es MySQL, sino PHP, creo. Pido, pues, disculpas al moderador por incluir la sintaxis php de la función en este foro y le ruego que si no lo considera oportuno la elimine. Dejo la dirección:
http://es2.php.net/manual/es/function.strtolower.php
Mira allí en las notas la función específica que llama strtolower_utf8() ofrecida por dbers26.