Se puede, pero equivale a usar eval, que no es recomendable:
Código PHP:
<script>
function ejecutar(algo){
new Function(algo)();
}
ejecutar('alert("hola")');
</script>
Mejor usar callbacks:
Código PHP:
<script>
function ejecutar2(callback){
callback();
}
ejecutar2(function(){alert(123);});
//o call o apply
function ejecutar3(o,f,a){
var obj=o || window;
var args=a || [];
f.apply(obj,a);
}
ejecutar3(null,alert,[455]);
</script>