Hola
juanmitaaa !
Mas que nada tendrías que hacer la aplicación en Air, en el entorno de desarrollo adoble flex builder puedes manejar proyectos Air o Flex.
Te pongo una breve descripción de lo que es Air tomada de la página de Adobe:
Adobe AIR es un tiempo de ejecución en múltiples sistemas operativos que permite a los desarrolladores combinar las tecnologías HTML, Ajax, Adobe Flash® y Flex para implantar aplicaciones de Internet sofisticadas (RIA) en el escritorio. Adobe AIR permite a los desarrolladores utilizar herramientas familiares como Adobe Dreamweaver® CS3, Flex® Builder™ 3, Flash CS3 Professional o cualquier editor de texto para crear sus aplicaciones y ofrecer fácilmente un programa de instalación de aplicaciones que funcione en múltiples sistemas operativos.
Más información:
http://www.adobe.com/es/products/air/faq/
Para instalar y ejecutar las aplicaciones Air necesitas el siguiente instalador:
http://get.adobe.com/es/air/
Un saludote ! 