@Metacortex
La mejor solución para el problema que comentas es utilizar el método noConflict() de Jquery ;) de esta manera no importa el orden en que incluyas las librerías.
Código PHP:
<html>
<head>
<script src="prototype.js"></script>
<script src="jquery.js"></script>
<script>
jQuery.noConflict();
// Use jQuery via jQuery(...)
jQuery(document).ready(function(){
jQuery("div").hide();
});
// Use Prototype with $(...), etc.
$('someid').hide();
</script>
</head>
<body></body>
</html>