Creo que tienes un pequeño lío con los conceptos y con lo que es "iniciar una aplicación" en el caso de la web. Échale un ojo a esta página e intenta comprender bien el ciclo de vida de las páginas web en ASP.net. Te ayudará mucho, no sólo en este caso, sino en todos los desarrollos que hagas con esta tecnología:
http://msdn.microsoft.com/es-es/library/ms178472.aspx
Un saludo