<DIV STYLE="position:absolute; z-index:1">
aqui pon el object del flash</DIV>
<DIV STYLE="position:absolute; z-index:2">
aqui pon el menu
</DIV>
Creo que es algo así.
hechale un vistazo a esta pagina o cualquira que explique a fondo los divs.
http://www.htmlpoint.com/css/css_10.htm
por cierto prueba que funciones en varios navegadores me suena que hay algun problema con los divs en explorer o mozilla o alguno de esos.