Hola,
Cita:
Iniciado por pinguinogil 
Iterator es un objeto de java.util.Iterator para poder situarme.
Vuelvo a enviar todo el código por si aclara algo.
No aclara nada por que Iterator es una Interace genérica que puede devolver cualquier cosa. Y es en
beans.ConsultaRefBean donde está definido el valor que devuelve realmente next().
Cita:
Iniciado por pinguinogil VALUE="<%=(id.next())%>"><%=(id.next())%>
El error está específicamente allí, 2 veces next() ... avanza dos lugares. Revisa la documentación o un tutorial de Iterator o Collections para saber como funciona next(). Hay muchos tutoriales donde te van a explicar eso y cuando lo comprendas vas a observar el motivo por el cual en este caso da problemas.
Cita:
Iniciado por pinguinogil if (id.next() != null)
Y con esto le agregaste todavía 1 vez más.
Si la colección tuviera los valores A, B y C. Al pasar por el ciclo la primera vez extrae los 2 primeros valores (A y B).
VALUE="A">B
y la siguiente vez que se ejecuta el ciclo, extrae C y ya no hay más.
VALUE="C">***error***
Espero haber sido de alguna ayuda, más claro no puedo expresarlo, sino tal ves alguien más te pueda ayudar.
Saludos.