No conozco el FCK editor, pero revisa el .js principal con un editor de textos, hasta el notepad sirve, buscas <br> y lo reemplazas por <br />
Si no encuentras exactamente donde modificarlo, puedes realizar el cambio antes de mandar la salida, ejemplo en PHP:
Código PHP:
$contenido = str_replace('<br>', '<br />', $contenido);