Holas,
A lo que entiendo es recibir los archivos en PDF y registrarlo algo asi como un sello de recibido que en este caso es la firma digital de Adobe.
Ahora si existe un plugin gratuito?, yo lo haria con PHP, en el mismo servidor y registrar esos PDF. Porque un plugin localmente no conosco y creo que no seria tan seguro si es localmente.
El que te recomiendo es el FPDF, que para mi es el de los mejores.
http://www.fpdf.org/
Saludos
Gildus