Kirari... eso no te pasaría si en vez de hacer la web con tablas lo haces con divs o capas.
Mikmoro ha elaborado para personas que se encuentran en tu situación un tutorial en dos partes (por ahora) para migrar de las tablas a los divs.
Te dejo el enlace, tardarás unas horas... pero tendrás mucho menos problemas, y si surge algo nos vemos por el foro de css.
pequeña guía de migración a XHTML+CSS
Un saludo, animo!
Ares