En esta dirección
http://msdn.microsoft.com/es-es/library/ms171868.aspx
encontrarás información sobre las novedades de cada versión del framework. Normalmente, suelen ser nuevas incorporaciones a lo que ya ofrecía la versión anterior y la compatibilidad suele estar garantizada hacia atrás. Es decir, lo que funcionaba en 2.0 debería funcionar en 3.5, aunque no es así en el 100% de los casos y a veces toca realizar algunas modificaciones (no muchas, según mi experiencia personal, ya no sé en otros casos). Yo echaría un vistazo a las listas de cambios entre 2.0 y 3.5 y vería si alguno puede afectar al código que ya tienes hecho.
Un saludo.