Hola, pues podrias poner tu menu en un frame y de ahi mandar al script que quieres a otro frame, es eso lo que quieres?
Si es asi entonces si debes de poner los include en el frame donde quieras que aparezca tu menu:
Código HTML:
<html>
<head>
</head>
<body >
<table width="95%" height="95%" border="1" bordercolor="#000033">
<tr>
<td colspan=3 align="center">Cabecera
</td>
</tr>
<tr height="99%">
<td width="93" width="20%">Menu
<?php
include ("menu1.php");-->de esta forma usas el include
?>
</td>
<td width="560" colspan="2" valign="top"><center>Home
<?php
include("cuerpo.php");
?></center>
</td>
</tr>
</table>
</body>
</html>
Y pues tu menu deberia tener un orden asi:
Código PHP:
<?php
echo"
<ul>
<li><a href='".$_SERVER["PHP_SELF"]."'>Inicio</a></li>
<li><a href='".$_SERVER["PHP_SELF"]."?modulo=registro'>Registro</a></li>
........
//de esta forma mandas llamar estos modulos desde el menu
</ul>";
?>
y el 'cuerpo.php
Código PHP:
<?php
if(is_file("ruta/".$_GET["modulo"].".php")==1)
{
include("ruta/".$_GET["modulo"].".php");//solo direcciona hacia donde esten tus scripts
}
else
{
echo "Módulo no existente";
}
?>
Pues seria algo mas o menos asi, espero te sea de ayuda

Salu2