Y para qué agregas la coma si al final la vas a quitar? Además, basta con que apliques ucwords() a toda la cadena, y no palabra por palabra:
Código PHP:
<!-- $nombres=$row['alunom'];
$trozos=explode(" ",$nombres);
$variable=ucwords(strtolower($trozos[0]." ".$row['alupat']));
echo $variable; -->
