Hola Peru3g, gracias por la respuesta, he comprobado el web.config y lo tengo exactamente igual al que pones tu además de un control mio y los de AJAX... he probado quitandolos a ver pero sigo con el mismo problema.
<controls>
<add tagPrefix="asp" namespace="System.Web.UI" assembly="System.Web.Extensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/>
<add tagPrefix="asp" namespace="System.Web.UI.WebControls" assembly="System.Web.Extensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/>
<add tagPrefix="asp" namespace="xxxxx.Controls" assembly="xxxxxxxx"/>
<add tagPrefix="asp" namespace="AjaxControlToolkit" assembly="AjaxControlToolkit" />
</controls>