Si no estas seguro de cómo volver a configurar el LiLO, Entra en Linux, Configura el LiLO en un disquette y así, una vez termines de reinstalar windows, entras con el disco y vuelves a configurarlo en el MBR como lo tenías en un principio.
También defiendo mucho el win 2000, no sólo el XP. Además cuando me decidí a migrar al XP, fue despues de mucho tiempo y comprobar que su instalación era mucho más rápida, y en este sistema (no es que lo defienda como el mejor) existe algo parecido a la Multitarea de las X de Linux. Hayyyy mi SuSe de mi arma....