No es un problema. El include y el require son estructuras que "incluyen" literalmente hablado el código PHP de un script en otro. Por lo tanto, es como si estuviésemos frete a un solo script seguido. Entonces, las variables de uno están disponibles en el otro, y con mucha mayor razón las globales como $_GET. No hay "solución", pues como te dije, no es un problema en absoluto.
En todo caso, lo que deberías hacer es replantear la lógica de tu aplicación teniendo en cuenta esto.
