No hacen lo mismo. En el primer caso tienes un array $array['a']['b'] vacío, y aparte tienes un array $ref que contiene los índices c, d y e. Tienes en total 2 arrays.
En el segundo caso tienes un sólo array $array['a']['b'] con los tres índices mencionados.
Tal vez lo que deseas saber es sobre las
referencias?