Limitar el numero de intentos para acceder

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Pues (sin haberme leído el código porque no tengo tiempo...) digamos que en la tabla de usuarios debes tener dos campos: Intentos y Fecha_último_intento.

Entonces al consultar el login, si es exitoso, actualizas el campo intentos a 0.
Si no lo es, entonces incrementas el campo intentos en una unidad y actualizas la fecha del último intento a este mismo instante.

Y para la consulta de login, debes hacer algo así como:

SELECT * FROM usuarios WHERE username = '$username' AND password = '$password' AND (intentos < 3 OR (intentos >= 3 AND NOW() > DATE_ADD(fecha_ultimo_intento, INTERVAL 15 MINUTES))

(es decir que username y password sean ok, y que o bien los intentos sean menos que 3 o que sean >= 3 y hayan pasado más de 15 minutos desde el último intento)

Espero haberte ayudado.
Un saludo