Pues depende de como quieras acceder a los archivos fuera de tu DocumentRoot. Si lo que quieres es incluirlas vía php no deberías tener ningún problema usando la ruta absoluta, ejemplo
Código PHP:
include '/ruta/miweb/clases/archivo.php';
.
Si lo que quieres es acceder a esos archivos desde la barra de direcciones del navegador deberías agregar un alias a la configuración del apache, ejemplo
Código:
Alias /clases /ruta/miweb/clases