Hola,
Si no tienes enlaces internos entre las páginas, entonces puede que Google considere a estas páginas "poco relevantes", por lo cual no las ingresará en su index por más que aparezcan en el sitemap.xml
De cualquier modo, sin enlaces internos ¿Cómo se supone que lleguen hasta ellas los usuarios?
Si tienes 400 páginas lo mejor es plantear una estructura de linking consistente: que cada página linkee hacia aquellas con las que guarda relación, no es necesario que todas linkeen con todas.
Por cierto, el sitemap HTML también puede ayudar, no debes preocuparte por aquello de los 100 enlaces, ya que en realidad se aplica a los enlaces externos (no los internos) y ya
hemos comprobado que no es más que una sugerencia. (rozando la categoría de mito)