Duda ficheros Lopd

[interneting]

Buenas tardes, si gestiono los datos de clientes, proveedores y empleados usando un solo software de gestión empresarial....¿tengo un solo fichero (base de datos general) o tengo tres ficheros que declarar (empleados, clientes y proveedores)?

Y por otro lado ¿Que mas da que el nivel de los datos de los empleados sea "alto" y el de los demás "básico" si al fin y al cabo trato todos los datos con el mismo programa y tengo que aplicar las mismas medidas de seguridad a todos los datos por igual porque el programa no distingue entre unos y otros?

Gracias de antemano