Podés obtener el PID del último proceso iniciado con en la variable $!, por lo que tu función start() podría ser
Código:
${JAVA_JRE_COMMAND} -jar ${PRISCILADIRECTORY}/programa.jar start &
echo $! > servicio.pid
y tu función stop:
Con respecto a la otra pregunta, me quedo esperando a ver si te contestan algo más :)
Saludos.