Asegùrate de que tus reglas de reescritura no estén reescribiendo urls incorrectamente.
En todo caso, usa condiciones para verificar si el archivo o carpeta existen, y si no, recién ahí aplicas la regla. Puedes leer más de lo que te digo aquí:
http://httpd.apache.org/docs/1.3/mod/mod_rewrite.html 