el problema que tienes es de medidas, estas marqueteando mal, no debes utilizar 1000px de ancho, por que imaginate que alguien esta viendo tu web con una configuración de 800 x 600, apareceran los scrolls habidos y por haber, si quieres que tu web aparezca en toda la ventana del navegador tienes que trabajarla en porcentajes. por ejemplo de esta manera:
http://www.araudi.net/ejemplos/3columnas.html