El problema es que todos los botones se llaman 'bot' entonces lo que tendrias que hacer para que esa funcion funcione seria referenciar la propiedad value no al boton 'bot'(ya que estos son todos) sino que a cada uno por separado....
Bueno siempre fui un desastre para explicarme jajaj asi que mejor te muestro como hacerlo
Código PHP:
<html>
<body>
<?php
$altura = 10;
$anchura = 5;
echo "<table>\n";
for($fil=1; $fil<=$altura; $fil++) {
echo "\t<tr>\n";
for($col=1;$col<=$anchura;$col++) {
echo "\t\t<td>\n";
echo "\t\t\t".'<form name="form1"><input type="button" value="boton: '.$fil.'/'.$col.'" id=bot onclick="a(this)"></form>'."\n";
echo "\t\t</td>\n";
}
echo "\t</tr>\n";
}
echo "</table>\n";
?>
<script language="JavaScript">
function a(objeto)
{
var num=objeto.value;
window.alert(num);
}
</script>
</body>
</html>