Entonces tienes que poner la ruta relativa al directorio raíz de tu archivo php no?
Código apache:
Ver originalRewriteEngine On
RewriteRule ^bibliografia/?(/pagina([0-9]+).html)?$ pagina/articulos/bibliografia.php?page=$2 [L]
Ojo, que con el valor que le pasaste al método linkEstructura de la clase estás prácticamente creando el contenido del parámetro href del tag <a>. Y ahi tienes un problema.
Cuando esté en X página (/bibliografía/pagina2.html), los links generados apuntarán a /
bibliografía/bibliografia/pagina3.html. Eso se debe a que estás colocando una ruta relativa, y dado que en tu htaccess haces como si bibliografia fuese una carpeta, los links son relativos entonces a dicha seudo-carpeta.
Eso lo solucionas agregando un tag <base> a tu head, o definiendo rutas absolutas para los links del paginador:
Código PHP:
$paging->linkEstructura('http://www.misitio.com/bibliografia/pagina{n}.html');
